1、 超純水機產生超純水后很容易被污染，所以生產后馬上就用是最好的選擇。只有把超純水接觸空氣的時間減少得越短，才越能保持水的純度。

2、 在配制高純度的化學試劑的時候盡量不要讓超純水在桶里面存放，因為桶使用的時間長了就容易滋生細菌和雜質，造成對超純水的污染。

3、 取水時讓超純水隨著容器壁向容器內流，盡量不產生氣泡，可以降低空氣對超純水的污染。

4、 長時間不用水要將桶內的RO水全部放掉以防止污染。

5、 超純水機長期不使用的時候就應該將初期產生的純水放掉，以確保水質。

6、 超純水機至少應7-10天通一次水，以保證水質。

7、 儲水桶請勿放置在日光直射處，水溫的上升將容易造成微生物繁殖。特別是半透明的儲水桶，會因為日光通透而造成藻類繁殖。

8、 請不要在終端濾器后再連接軟管，使用直接取水的方式才能獲得純度高的超純水。

9、 越純的實驗室用水，越不宜久放。因為對18.2MΩ.cm的超純水來說，放置1小時之后， 電阻率會下降至4MΩ.cm，PH 則降至5.7左右，更不用說用水環境及容器所造成的污染 (如空氣中灰塵、接觸容器所產生的溶出物以及儲水桶的微生物污染)。